Në vitin 1995 filloi prishja e marrëdhënieve ndërmjet Sali Berishës, asokohe President i Shqipërisë, si dhe Ibrahim Rugovës, President i Kosovës.
Kërkesat e Rugovës për pavarësi të Kosovës duket se ishin bërë pengesa kryesore e marrëdhënieve ndërmjet tij dhe Sali Berishës, i cili në vitet e 90-ta mbështeste hapur një autonomi në kuadër të Serbisë.
Në një intervistë për magazinën gjermane “Fokus”, Sali Berisha kishte kritikuar palën kosovare për herë të parë për kërkesat maksimaliste – që ishin pavarësia e Kosovës. Në këtë intervistë, Berisha insistonte se pala kosovare nuk mund të marrë më pak se autonomia e vitit 1974, por as më shumë. Berisha kishte thënë se pala kosovare, e udhëhequr nga Ibrahim Rugova, duhet të kuptojë se në demokraci duhet të jenë të gatshëm për të bërë kompromise.
“Askush nuk mund të kërkojë që shqiptarët e Kosovës të jenë të kënaqur me më pak sesa kishin në vitin 1974. Megjithatë, shqiptarët duhet të kuptojnë se demokracia gjithashtu do të thotë gatishmëri për kompromis”, kishte thënë Berisha për “Fokus”, gjatë një vizite në Gjermani.
Pas kësaj interviste thuhet se raportet ndërmjet Berishës dhe Rugovës ishin ftohur drastikisht shumë. Për një kohë të gjatë, Berisha dhe Rugova nuk ishin parë vetëm nëpër takime mes vete. Në intervistat e mëvonshme, Berisha ishte arsyetuar se ndarja mes tyre kishte qenë angazhimi i tij për bashkim kombëtar, të cilin Rugova, sipas tij, kategorikisht e kishte kundërshtuar.
